听到忽必烈不再称自己为“英雄”而是改称“长史”，萧遥心中登时为之一振。他知道长史这个官职乃是负责统帅训练当地汉军所设，忽必烈如此称呼自己，显然是已欲委以重任。但萧遥转念一想，自己新投不久，既无功劳，又还没有建立起自己的势力，且领军打仗、*练兵马并非所长，虽是位高权重，但对于以后的发展却全无益处，因此想了一下后说道：“王子殿下抬爱，小人感激不尽。可是无功不受禄，这‘萧长史’三个字，小人是万万担待不起的。”说完纳头便拜，既是谢恩，也有坚决不受之意。
忽必烈虽口称“长史”，但封这个官职其实只是临时起意，随口一说罢了，他心中想的只是要将萧遥收为幕僚，听计纳策，并非真的要萧遥去为自己统帅兵马，驰骋疆场。此时他见萧遥坚决不受，倒也没有再勉强，说道：“那此事稍后再议吧。萧英雄，你说成大事者，拥有一套自己的班底和庞大的势力是最根本的保障，不知此话怎讲？”虽然极力掩饰，但言语中隐隐的急切之意却还是被萧遥给听了出来。
言念至此，萧遥知道时机成熟，于是再无隐瞒，当即直截了当地说道：“王子殿下若想成大事，必须先模仿秦朝官制，在中原找到一个根据地，建立属于自己的朝廷，推行耕战，纳中原民力为己用，此乃第一步；然后行汉法，依汉例设立官职，完善法纪，募兵粮户等诸般制度，并且不能像成吉思汗时期，木华黎和耶律楚材那般虽采用汉法，但是时置时废，咱们须得成系统地坚持下去，此乃第二步。而这两步一旦成形，以后的一切问题便都迎刃而解了。”
忽必烈其实心中早已有此想法，只是一直没有一个明确的思路和计划，加之他先前为如何治理漠南汉地劳心劳神，是以从未付诸实施。此时萧遥一言点破，忽必烈如梦初醒，心中那些原本飘忽不定的想法顿时形成了一个整体，越来越清晰地出现在了他的脑海之中。又思索了片刻后，忽必烈忽然开怀大笑道：“萧兄弟所言甚是，咱们就这么办。”
由于宋军攻打河南边地，忽必烈请准蒙哥在河南设经略司，任命史天泽、杨惟中、赵璧为经略使。其时恰逢蒙哥分赏诸王，忽必烈得到京兆（长安）封地。他采纳了萧遥的建议后，一番思考之下，决定将自己的中原根据地设在长安，之后与萧遥促膝而谈，二人反复推敲琢磨，终于商定了改革的内容。
首先设置左右丞相，左丞相为蒙古人，居正位，汉人为右丞相，从属于副。至于这汉人右丞相，忽必烈听从了萧遥的建议，决定重礼从长安城聘请闻名关中的鸿儒担任，而这左右丞相，则是主要负责管理漠南汉地的地方官员考核和任用，选拔与监察官员，总领国家大政方针的议定。其次是国尉，基本由汉人出任，主要是在萧遥的建议下，建立汉族军队后设置。这支汉族军队有别于金朝和西夏灭亡后投靠蒙古的汉人世侯军阀，因其是完全从属于忽必烈自己的军队，主要管理麾下何人领兵，发兵的问题决定。
然后是御史大夫，由汉人出任，掌管蒙古缴获自金朝和西夏的文书档案和图籍，以及监察手下官员，检举谋反与违法行径的，此三者便合称为“三公”。
至于九卿的划分，萧遥也全都提到，并逐一为忽必烈解释述说。同时，他还将脑海中自己想出的一些治国理念融入其中。而不管忽必烈最终如何取舍，萧遥一直苦苦追求和梦想的权利与地位，此时已不再像是以前那镜花水月般的虚无缥缈了。
萧遥深知教育对于一个民族的重要性，因此首先他就建议忽必烈设立“奉常”，其职责是主持祭祀，管理成吉思汗陵，以及管理刚刚建议忽必烈恢复的中原各地的学校教育；郎中令主管忽必烈麾下的亲兵和新招募的汉人亲兵，作用大致相当于明朝的锦衣卫。
由于萧遥建议忽必烈将长安城仿照隋朝改名大兴，寓意忽必烈自己的势力大兴之意，而此建议也被忽必烈采纳，因此原本被称为长安城防军的卫尉，便改名为大兴城防军；太仆负责管理麾下军马事宜，由蒙古人出任；廷尉则掌管法令刑罚事宜，而萧遥思及元朝还不到建立的时机，因此便决定暂时使用金朝的泰和律；典客主要处理外交事宜，负责与南宋、吐蕃、大理、高丽、日本以及蒙古自己几大汗国沟通联络；宗正管理忽必烈亲属以及汉地蒙古人事宜，使蒙古人和汉人分开管束。此举有利于稳定，忽必烈闻之大赞。接着是治粟内史，负责恢复中原漠南地区的农业生产；少府负责漠南汉地的市场交易，商业税收；中尉掌管负责大兴城的治安；将作少府管理城池关隘，宫殿的建设事宜。
之后是地方管制的恢复，在萧遥的建议下，首先是恢复中原地区的行政建制，设立43个郡，郡下设县，郡设置郡守，一般由忽必烈自己一系的蒙古人和新进投靠的汉人，以及一些本身在地方属于豪强的汉族军阀世侯出任，可以自行任命自己的幕僚，推荐当地的人才，发布小朝廷的政令，赏罚，司法与监察，以及拥有平定叛乱和统帅当地军队抵抗外敌的权利。同时也负责征收地方财税。郡守下设郡丞，往往由汉人担任，负责当地内政；长史负责统帅训练当地汉军，之前忽必烈意欲委任萧遥此职，便是想让他为自己治理手下的非蒙古人军队，权利不可谓不大。郡守的副手是郡尉，协助郡守统管一郡的军事。
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