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当核弹摧毁了浣熊市所有建筑时，也摧毁了所有保护伞公司伪善的证据，但却没有完全摧毁病毒。保护伞公司的确毁灭了作为病毒最大感染源的浣熊市的市民，但却没有想到，病毒的感染者也可以是老鼠、鸟类。在保护伞公司忙着掩盖浣熊市悲剧的真相时，病毒已经开始蔓延……
浣熊市事件三周后，第七电视台的录像带在网上曝光，尽管保护伞公司已经通过新闻媒体压制住了舆论，但互联网上不断在出现关于事实真相的报道。来自政府与保护伞公司的追捕仍在继续，为了使其他人脱身，吉尔决定自己携带录象带，独自留在一个旅馆里，并因而被捕。对吉尔的盘问使得联邦调查员开始怀疑保护伞公司。虽百般抵赖，可病毒还是大范围爆发。保护伞公司终于知道已经无法控制局面，但为之已晚。病毒侵入白宫政府，美国沦陷。吉尔逃出，在巴尔的摩遇到大群幸存者并自此领导他们寻找安全的避难所。后被保护伞公司俘获，成为爱丽丝计划中最重要的对照实验样本。
如今，正俏生生的站在吴尘面前。
“吉尔，还记得阿尔法小队么？”吴尘恍惚回到了神室町。
吉尔眼睛中的保护伞忽地闪了闪。这是被压制的自主意识反抗的征兆。吴尘于是再接再厉：“我陪着你下到地下99层，从那个怪物的手中找回了阿尔法队员的遗体……”
保护伞的徽印越闪越快，越闪越快，行将崩溃的瞬间，吉尔猛然闭上双眼。
吴尘似乎感受到了激烈迸发的脑波，可惜，等吉尔再睁开眼，保护伞已经稳住了。
“吴尘，阿尔法小队就在我身边。”说着吉尔冲身旁的战士努了努嘴：“你说过你认识每一个阿尔法小队的成员，一定不会不记得他们吧。”
吴尘心中一黯，这些拥有阿尔法小队面孔的超级战士，都是红后的克隆人吧。
难怪吉尔会屈服。红后抓住了她最大的软肋啊！
扫描之后恩娜伊给出了三星半的评价。这已经很高了！嘉米也才三星半。而吉尔身边的阿尔法克隆战士每个人都有三星的实力！
显然，这是红后最精锐的部队。
“吴尘，你是想我带你去见红后，还是我绑着你见？”吉尔准备动手。
吴尘冲身旁的闪烁使了个眼色。
见闪烁心神领会，吴尘旋即笑道：“还是我自己去拜见她老人家吧。”
“不行！”话音未落，吉尔已扑到身前。克隆战士也紧跟着火力全开。
千钧一发，耀眼的紫红色传送门径直挡在吉尔身前。两眼一花，跟着风声猎猎，人已被送到了机舱外！
又一座传送门在克隆战士们的背后悄然开启，射向吴尘的弹雨诡异的从背后冒出，全打在了自己背上。“啊啊啊！”克隆战士浑身崩血扑向地面。可还没等身体落地，脚底一空，人已经掉进了又一个平躺在中层甲板上的传送门里。
尼玛，这飞机到处是坑啊！
急速下坠的吉尔眼睁睁的看着同伴被传送门甩出飞机，后背撞地前猛然后翻，双脚轰碎大片冰层稳稳落地。
克隆战士也用相同的动作重重砸落冰面。抬头再看云端的白天鹅，一时半会上不去了啊。
“主人，红后的防火墙很高级，短时间攻不破。”T160在和红后的网络对抗中没占到便宜。吴尘点了点头：“这并不意外。红后既然能化身成人形，虽然只是个小女孩，但却说明已经拥有了‘人格’，所以从这个层面上说，她和我们没有区别。即便是小女孩的心智，但若想骗过她还是要动动脑筋的。”
“是这样。”被吴尘从变形金刚塑造成人的克劳莉娅，当然认可他的判断。
“有没有解决办法？”吴尘问道。
克劳莉娅沉思片刻后回道：“主人，只有进入红后的数据终端，手动加载病毒程序才能攻破基地防火墙。”
堡垒都是从内部攻破的。吴尘也想到了。
于是技术宅很快做出决断：“闪烁，我们走！”
闪烁最近对吴尘越发的惟命是从，不晓得是不是因为经常偷看他抱着春丽虎躯一震的关系。又或者长时间的心灵耦合，被精神污染。
心中一动，双人座舱随即从头顶放下，吴尘和闪烁坐进驾舱，升入黑鸟机体。
电影版中，闪烁的能力其实被削弱的很多。原本能够在星际甚至位面间自由移动的传送门，只能进行短距离传送。但这并不妨碍她成为吴尘最得力的助手。吴尘自己和天火机甲都能传送，但却不能像闪烁那样随心所欲且方便快捷。更神奇的是，拥有类似能力的天火MT机甲，安装了手术刀的心灵耦合器后，让吴尘<—>机甲<—>闪烁，人机之间产生了无法用科学解释的神奇共振。使得闪烁无需投掷紫水晶，就能通过天火机甲成功释放传送门！
且传送的距离和时空门的直径也有了质的飞跃！
这也是闪烁喜欢和吴尘一起战斗的原因所在。
而且随着配合愈发默契，两人的脑波似乎也有了某种神奇的联系。用恩娜伊的话说，虽然没有并入脑波幕网，但吃掉是早晚的事。
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