既然任思齐反对拥立义阳王监国，田仰等人再上串下跳也终归无用。在崇明岛上，数万军队二十万百姓都只认任思齐，田仰等人随行只有数千军队，而且一应补给都要仰仗崇明岛。
无奈之下，田仰和张朋翼等人乘船离开了崇明，往浙江方向而去。
但是也有一部分人留了下来，其中就包括下江道荆本彻和监军道王臣缙。征求二人意见之后，任思齐任命荆本彻为崇明同知，王臣缙为崇明通判，协助沈廷扬管理崇明民政。
与此同时，任思齐在崇明新城设立都督府，由原来的肃虏侯幕府改建而成。
都督府下设立参谋、后勤、装备、镇抚，敌情，统战，职方七司。
参谋司主掌作战、训练、筹划等军务。后勤司主掌营房、辎重运送、物质采买、粮饷财物等。装备司主掌全军武器制作，购买，保管，分配等等。而镇抚司则主掌全军军纪，负责对违纪官兵惩罚，负责战场上战功登记核实。敌情司负责派遣细作收集情报探查各地敌情。
参谋司司长还是李彦直，后勤司司长曹长江，敌情司司长安东尼，镇抚司司长宋立本，装备司长则由刚加入岱山军的陈于阶担任，原司长门罗调任新兵营担任炮兵教官。任命一个异族担任高官已经引起了很多人不满，任思齐不得不把门罗拿了下来，不过门罗的待遇品级一切未变。
统战司乃是新立，由新加入的阎尔梅担任司长，划拨李栓子数百名宣传队员入统战司。统战司的职责就是宣传满清暴行，宣传民族大义，联络各地开明绅士百姓，广交朋友，组建抗清统一战线。
江浙各地，虽然上层官府乡绅都选择了投降满清，可是低下对满清不满心向大明的人还有很多。虽然明面上满清占据了整个江南，可是私底下暗潮汹涌，只待时机成熟，就会爆发出抗清浪潮。任思齐知道，这个时机为时不远，但等剃发令一出，江南各地就会风起涌云，那时就是统战司用武之时。
职方司也是新立，司长由任思齐兼任，主管军队人事，军官任免升降，对军队各级军官建立档案进行管理。
每一个司下面又设立数堂，堂设主事，堂下设科，构成了庞大细致的系统。
整个都督府所属官员文吏人数多达数百，人数虽多却绝无冗余。
都督府设立之后，立刻爆发出强大的能量，各级官员各司其责，崇明岛军政一切步入正规。
全心投入崇明岛建设发展的同时，任思齐也没忘了岱山。他任命任峻为岱山知县，掌管岱山民政，任命陈忠为县丞，主管商业贸易。
时间已经到了六月，又是到了去日本海贸之时。司马南和陈忠奉命来到了崇明岛，拜见任思齐。现在岱山军的势力越来越大，任思齐官职越来越高，司马南不敢再像往常那样称呼任思齐为秀才，站在任思齐面前毕恭毕敬。
“今年的海贸的货物准备的怎么样？”任思齐翻看着手中的帐册问道。
“回都督，今年陆上局势太过混乱，咱们收购的货物没有以前多，到现在为止，咱们收购的生丝仅有一千五百担，另外绸缎一万匹，茶叶五百担，其他货物若干，能装满三条海船。”陈忠恭敬的道。
今年的货物肯定比不上去年多，因为去年抢劫了江浙士绅们三十艘海船啊，对这个任思齐是有心理预期的。
“上面局势虽乱，应该对下层百姓没什么影响吧，他们该养蚕养蚕，该纺织绸缎纺织。他们生产出来的生丝绸缎棉布肯定要卖掉吧。难道那些士绅没忘了去年的教训，今年还想越过咱们不成？”任思齐皱眉道。
“他们哪里敢啊！”陈忠一哑，“今年有好些士绅托夫人的父亲张敬贤向咱们传话，说愿意以两千两银子每条船的价格向咱们买路。不过他们提出了一个要求，就是让咱们保证他们船只不受郑家的骚扰。”
郑家啊！任思齐一下子沉思了起来，他明白那些士绅的意思，他们每条船出海需要花三千两银子向郑家买航标，若是再给岱山两千两的话，这样每艘船还未出海成本就增加五千，这是他们不能容忍的。前些日子，郑鸿魁的船队就停在杭州湾，这让好些士绅们的胆子大了起来。其中一些人甚至去联系郑鸿魁，给岱山方面施压。郑鸿魁当时满脑子都用在拥立唐王监国，加上知道任思齐在扬州抗清之举，并没有理会这些士绅。
东海虽大，却容不下两个同样强大的势力，任思齐预感自己将来肯定会和郑家发生冲突，可是却不是现在，现在岱山水军的实力还无法和郑家相比。不过郑家的好日子也不多了，郑芝龙好像很快就会降清，然后郑家的老巢安平会被清军攻占。等到郑芝龙降清之时，就是自己独霸日本航线的时候。
“告诉那些士绅，若想去日本贸易，就必须缴纳两千两银子，否则去年的事情还会发生。”任思齐冷冷道，现在天下形式大变，大明都亡了，这些士绅们还看不清形势。总有一天我会对你们一一清算！
“司马兄去吕宋还顺利吗？”三言两语谈妥采购货物的事情，任思齐转身笑着对司马南道。
“顺利倒是挺顺利的，不过西班牙人都咱们的态度变化很快。”司马南道。
“这是为何？”任思齐有些惊讶。
“这两年来，涌入吕宋的汉人越来越多，福建广东的海船突破大员荷兰人的拦截，也纷纷赶到吕宋贸易，导致现在吕宋的行情连年下降。今年生丝的利润比去年降了五成。”
海贸是岱山方面的根本，若是海贸没有足够的利润的话，如何养活这么一支庞大的军队？
根据司马南的诉说，这两年涌入吕宋的汉人已经达到了三四万，这么多汉人给吕宋带来繁荣的同时，也引起了西班牙人的不安，经过当年林风试图占领吕宋的事件之后，西班牙人对大明非常的警惕，也许再次的清洗屠杀为时不远。
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