想要提前把《物种起源》搞出来，并不全是为了刷声望玩儿。更重要的是要让自己此后的一些行动，有理论上的支持。在很多人眼里，理论这东西似乎没什么大不了的。但是这种东西在历史上，却往往有着刀剑也无法比拟的力量。如果没有牛顿的三定律，就不可能有瓦特的蒸汽机；如果没有蒸汽机，就没有工业革命。自然科学方面的理论是这样，社会科学方面的也一样。如果没有民族主义的理论，如果没有启蒙主义的思想，资产阶级革命的道路也会艰难得多。
在人类历史上的那些划时代的，影响深远的理论中，《物种起源》是相当的有意思的一部。它需要的前置知识不多，相对容易弄出来，只是各种证据的收集需要很多的人力物力。而这在郑森这里，问题都不大。更重要的是，这个理论无论在自然科学领域，还是在社会科学领域，都可以做很多的延伸。尤其是在社会学领域的延伸，很容易就能和民族主义，和进取精神联系在一起。而这，正好可以用来给自己的人马洗脑，绝对是增强战斗力的利器。
除此之外，想办法将“物竞天择，适者生存”的思想，用“天行健，君子以自强不息”来进行合适的包装，却是最容易打动那些中二期的青年，中年，甚至是老年。这样激烈的思想在中国的传播，当然会给自己带来激烈的反对者，但也能给自己带来激烈的支持者。而这些支持者对于郑森的事业可能会非常有帮助。
为此，郑森甚至讲很多的工作都丢给了郑芝凤，和贝尔一起在书房里忙碌了差不多一个月。终于，一部划时代的巨著完成了。这部作品的体例基本上照搬来历史上原本的那部《物种起源》，整部著作分成了三个大的部分。第一部分讲生物的各种变异，包括家养变异和自然变异，以及生存斗争和自然选择。在这一部分中，全书的主体和核心，生存竞争和自然选择的原则被建立了起来。第二部分则是站在反对者的立场上给进化学说提出了一系列质疑，再一一解释，使之化解。第三个则用以自然选择为核心的进化论对生物界在地史演变，地理变迁，形态分宜，胚胎发育中的各种现象进行了令人信服的解释。
然后，郑森一边安排将这部作品的白话版本刊印出来，分发给模范军各部学习；一边将这本书的第一部分的一些提要写成文言文，然后寄给一直和自己保持着密切的书信往来的方以智、顾绛、夏允彝、陈子龙等人。
“密之兄如晤：
夫泰西之俗，不以远游为苦。自麦哲伦氏环球之后，颇有效之者。弟与数年前遇一泰西人，曰贝尔者，乃泰西博物学家，以研究寰球草木虫鱼之异同为事。其志必欲编写一天下博物志，尽载天下各大洲之各色物种。弟以为其志颇类神农大禹，甚壮之。乃发数百金助其行。
上月初，贝尔氏环球而反，以其笔记示余曰：‘此吾数年之所得，我于此得万物变化之理矣！’……
其理之一曰‘生存竞争’，一曰‘自然选择’。所谓‘生存竞争’者……
弟郑森顿首”
方以智将这封长信放了下来，对顾绛道：“宁人兄，你如何看着进化论？”
“这东西直接涉及的草木虫鸟之类，我所知只怕远不及密之兄。不过我看他的这些论证，依着他以前寄给我的一些因明规则之类的东西，加以考核，至少我觉得他在论证的时候是可以自圆其说的。此说能不能立得住，主要就要看他的论据立不立得住了。这个方面密之兄比我在行多了。其实这东西我最关心的倒不是猫和老虎是不是有一个共同的祖先发展而来，而是它在人事上的推演。”顾绛缓缓的说，倒是颇有点忧心忡忡的样子。
“在人事上的推演？”方以智听了，微微思考了一下，便不由得悚然而惊。
“宁人兄是担心此说一出，弱肉强食便有了道理了？”
“不错，密之兄，这便是我最为担心的。我担心此说一行，则人皆为禽兽了。偏偏此说的论证又极为严密，所言皆可考察，可验证。若是这些证据没有问题，几乎就是不刊之论了。密之兄，天道人道本来就有相通之处。就像大木当时所言，人道之学，盖本于圣人的天之授。也就是说，人道本于天道。此文发见如此天道，难保别人不乱做引申，若如此，忠恕之道危矣！”顾绛顿足叹道。
方以智并没有立刻回答，而是想了一想，突然展颜笑道：“这种学说，的确有宁人所说的问题。不过宁人所言却过了一点。其实若有人以此反对仁义忠恕之道，宁人兄大可以以其人之道而制之。”
“哦，不知如何制之？密之兄可要教教我。”顾绛听了，赶忙道。
“前些日子，我和大木通信，向他学几何之学。从他那里学到了一套被称作反证法的方法。宁人兄和大木都对因明研究颇深，这法子想来也是知道的。”方以智道。
聪明人有一个优点，很多时候，一些东西，你只要刚刚提了一个开头，他便能一下子领悟你的意思，甚至于做到闻一知十。方以智只是提到了反证法这三个字，顾绛立刻就反应过来了。
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