十二月，广东路连州出现染了痘疮的百姓。
朝廷下令广东路各州府防疫局支援连州，给连州所有百姓种痘，防止痘疮在连州泛滥。
晁勇发明的牛痘证明功效后，晁盖便下令各州府建防疫局，人为传播牛痘，培养痘苗，同时给百姓种痘。不过因为大夫和痘苗的限制，并不是所有人都种了痘。
广东、广西的水牛又多一些，众人原本以为广东路把附近州府的大夫调过去后，可以很快让连州所有百姓种痘，预防痘疮。但是有多个村子的人拒绝种痘，导致五千多人染了痘疮，没多长时间，便有两千多人死亡。
晁盖责令地方御史展开调查，最后发现是有一个和尚蛊惑百姓，说种了牛痘以后，下辈子会投胎成牛，导致很多百姓宁死不种痘。
晁勇得知居然是和尚作孽，当即往皇宫而来。
晁盖也是刚刚得了消息，脸色铁青，看到晁勇进宫，便忍不住道：“真是太荒唐了，种个牛痘就要投胎成牛的话，那吃了牛肉的人，下辈子要变成什么，牛粪吗？”
晁勇点头道：“那些宗教妖言惑众，常以符箓治病，害死的百姓不知凡几。儿臣请父皇下令禁绝万教，以免再发生今日之祸。”
晁盖想了想，点头道：“前番我们便商议过此事，只是那时时机没有成熟。如今天下一统，朝廷统治已经稳固，也该实施此事了。”
说着对身旁伺候的太监道：“你去请其他五部尚书来。”
“是。”
太监去不多时，五部尚书就先后来到。
众人一番商议，便定下禁绝万教条例，捣毁所有宗教建筑、典籍；抄没所有宗教财产；勒令宗教人士离教；传播教义者杀无赦；私藏、施舍宗教人士者杖一百，流放三千里。
天启三年，元月十七日，朝廷颁布禁绝万教条例，各州府官兵同时出动，捣毁境内寺庙、道观等宗教建筑，勒令宗教人士还为百姓，同时抄没宗教财产。
东京城中的诸多寺庙、道观也没有逃脱，朝廷政令刚出，城中兵马便把这些宗教建筑围起来，所有人全部驱逐出来勒令回乡，朝廷给每人发放一贯钱盘缠。钱虽然不多，但是他们也不会饿死，居养院、安济院已经从州府扩大到各县。
纳钱授爵和镜行让朝廷国库充裕，加上天启二年全国丰收，朝廷扩建居养院、安济院并没给财政带来太大压力。
一些顶着活菩萨、活神仙的僧道到皇宫前请求拜见皇上，全部被御林军驱散，责令还俗，拒不还俗的杀无赦。
大部分僧道看到晁盖铁了心就都散了，只有一些鬼迷心窍的僧道准备为神佛献身，全部被御林军拿下，押到菜市口问斩。
杀了十几个僧道后，就再没人敢去皇宫前抗议了。
汴京城中除了少数百姓为僧道喊冤，大多数百姓都觉得朝廷做的好。自从朝廷定下诛灭万教的国策后，邸报上便不断刊登宗教骗人的法术。很多百姓都被宗教骗子欺骗过，在朝廷揭穿那些骗人的鬼把戏后，多数百姓便不再信那些神佛了。
如果大梁真的有神的话，那也只能是太子，战无不胜，而且发明牛痘，让世人不用再怕痘疮，还能让人飞天。
那些神佛虽然说是万能的，但痘疮来了，他的信徒一样逃不过病魔，即使再虔诚，都不见神佛显灵。
各地情况大同小异，朝廷邸报长时间的揭穿宗教骗人的把戏后，宗教信徒都减少，剩余少数信徒在朝廷的武力震慑下，也没人敢起异心。
一些一根筋的僧道看大梁没有宗教的立足之地，便远赴他国，开辟他们的事业去了。
一个月后，朝廷汇总各州府灭教成果，各地编户近百万，抄没田地一千多万顷，金银器物无数，光是抄没的各教在皇家票号的存钱便有两千多万贯，被宗教人士私藏的存单、银票还不知有多少。
朝廷灭教刚刚开始，没了宗教束缚，便有疑似刚刚还俗的光头之人招摇过市，在青楼挥金如土。
晁盖下令用收缴的铜佛、铜钟、金银器皿铸钱，铁像铸造农器，同时拍卖收缴的土地。
灭教一役，国库充裕，朝廷宣布降低盐价，由天启元年的每斤五十文降为每斤十文，朝廷专卖的白矾、石炭、灯油价格都有降低。
以前民间用的灯油是植物油或者动物油脂，晁勇让人蒸馏石油制作出煤油、汽油后，民间的灯油就变成了煤油，汽油则替代了原来的猛火油，给朝廷增加了一个财源，也给大梁兵马增加了一个利器。
灭教一役，可说举国受益，军民狂欢，但是也有少数执迷不悟的宗教人士和私藏宗教人士的百姓，各地陆续发配了数万人到边疆开荒。
汴京城中的大相国寺虽然建的金碧辉煌，但为了灭教之事不留，晁勇还是下令彻底夷平了大相国寺。汴京城中被夷平的大小寺庙、道观总有数十处。
寺庙刚刚夷平，便有不少人盯上这些土地，虽然大梁刚刚建立两年，但是天下一统，免徭役，轻赋税，已有天下大治的景象，汴京城中的土地更是寸土寸金。
尤其晁勇宣布筹建贵族学院后，各地纳钱授爵的大户更是纷纷涌进汴京，在汴京买屋置产，方便自家儿孙就读，直接让汴京城中房屋价格打着滚往上涨。
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