而自从4月下旬东岸船队出现在江面上的那天起，从镇江往北经运河前往北京的漕运系统就已经事实上中断了，而在东岸大军攻打扬州前，也派了少许军夫队军夫持矛封锁了大运河，这样这条输血动脉就彻底被截断了。只不过在这个年代，满清还没有形成仰赖江南米粮的习惯，大运河被截断固然会对他们产生不利的影响，但远没有想象中那么大。
从5月15日开始的五天内，莫茗便一直安稳地坐在扬州城内，等待麾下儿郎们在城内搜刮、清点、运输战利品。毋庸置疑，打下扬州这种有名的繁华都会收获自然不会小。据目前粗粗统计，城内共缴获库银（包括府库、县库和盐转运司库未及上缴的税银）三十多万两、敌产（带路党指认的清军将官家产现银）七十余万两、米粮二十九万石、骡马一千余头、布帛丝绢茶叶瓷器什么的就更多了，此外还有大量不好估价的书画古董之类的物件，总之这一仗是大大地赚了。
只不过当后勤参谋用颤抖激动的嗓音向莫茗报告斩获时，莫茗却犹不满足。然后在他的暗示下，扬州城内的富商们顿时倒了血霉，被东岸人勒索后联合“捐助”了八十万两银子的茶水费给东岸大军，莫茗这才作罢。这些人这两年着实是流年不利，先是被多铎大军抢劫勒索，然后又被石廷柱等人敲诈，现在再度遭到黄衣贼三度洗劫，十停家财已经去了七八停。不过这些人豪富无比，钱多的是，平时买个燕窝就动辄几千两、包个红牌妓女日费百两简直眼都不眨，现在虽然看起来倾家荡产，但其实在外地多半还藏有大量余财。
这还不算，扬州城内有产业的殷实人家也被东岸大军挨家挨户敲门收钱，这又收了一二十万两银子。除此之外，一些商铺、钱庄、妓院、茶肆什么的也被联合派捐了二十余万两银子。这几项累计下来，此战收获的银子已经突破了二百三十万两，一举收获了接近三年的军费，这令莫茗大为开心。
几天前率军追击清军的骑兵上尉杨明阳也率军返回了。他们于5月15日晚些时候追击逃跑的石廷柱部正白旗汉军至仪真县，对于黄衣贼如此之快追来始料未及的清军不敢停留，再次弃城而逃，似乎是往北方的高邮州方向而去。骑着骡子跟随石廷柱部逃至此地的四千绿营兵见状也大部一哄而散，少许留在仪真城内的士兵干脆出城跪地请降。
杨明阳懒得理他们，在分出五百人监督这一千多降兵押运着大批仪真县内缴获的钱粮牲畜往扬州方向而去后，他又率领麾下两千骑兵从仪真沿路返回江都，并在途中截获、击溃大量清军绿营部队。这些清军都是从扬州城内逃出来的，此时急着逃命，部伍不整、兵无斗志，往往被东岸骑兵一击而溃，四五天时间内，大约有四千余绿营清军被杨明阳部骑兵砍倒在地，其余也不知所终，跑散得到处都是。
可怜石廷柱部直领的二万八千余兵马经此一战后，只余不足万人成功遁逃，其余人马均损失殆尽。而且就这逃走的将近一万人中，超过一半器械、装具全部丢失，所有人更是士气全无，惊惶不定，不经过长期的整训看来是无法再度走上战场了。若是南京的洪承畴脑子够清楚的话，还是让石廷柱部到南方去对付南明以重新找回信心为妙，放在江北，那也就是一万头猪而已，他们已经没有勇气再度对阵黄衣贼了。
杨明阳部返回后，5月20日，海军急报，清军在南京、镇江一带集结大量船只，似欲北渡；而泰州、高邮州一带的清军似乎也得到了增援——很有可能来自淮安府——目前其前锋开始试探性地南进，已经与治安队发生了小规模的斥候战。
面对这样的形势，本来意欲率军北上进攻泰州以扩大战果的莫茗顿时改变了主意，他下令全军放弃扬州城东撤。目前船队正在靖江一带装运缴获的战利品，莫茗决定先率军撤到那里去再说。经过这一阶段的扬州会战，东岸大军损失也不轻，前后死伤1200余人：其中，翟从谔部死伤500余人（该部在扬州附近又拉了千余名壮丁补兵力损失）、黑八旗损失100余人、挺身队损失260余人、东岸陆军损失30余人、军夫损失300人。东岸军人也不是铁人，他们目前也需要休整一番。反正以现今的态势来看，他们似乎已经成功地调动了清军，江南的清军主力意欲北渡就是明证。既然已经初步达到了目的，那么不如先东撤与海军靠拢，然后再观望风色。
5月28日下午，浩浩荡荡的东岸大军毫无阻碍地东进到了常州府靖江县，守城的清军弃城而逃，莫茗率军进驻了该城。而在东岸大军携带大量战利品撤离扬州后，石廷柱立刻以最快速度进占了扬州城，同时对外宣称其部经“苦战收复”扬州，大破黄衣贼斩首若干云云。
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